Το Ίδρυμα Αστέγων του Δήμου Αθηναίων συστάθηκε ως Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου με την επωνυμία «Κέντρο Υποδοχής Αστέγων Δήμου Αθηναίων» (Κ. Υ. Α. Δ. Α.) το 1999 (Π.Δ. 289/1999, ΦΕΚ 250Ά/18-11-1999). Ωστόσο, ξεκίνησε την αυτόνομη λειτουργία του με δικές του υποδομές, ανεξάρτητες υπηρεσίες και ξεχωριστό προϋπολογισμό στις αρχές του 2005, μετά από έγκριση του Οργανισμού Εσωτερικής Υπηρεσίας από τον Γενικό Γραμματέα της Περιφέρειας (Απόφαση 9449/ΦΕΚ 304B΄/8 -3-2005).